ผู้ประกอบการจดทะเบียนประกอบกิจการ ทั้ง VAT และ NON VAT นำสินค้าหรือบริการไปใช้ในกิจการใดกิจการหนึ่งหรือกิจการทั้ง 2 ประเภท โดยไม่สามารถแยกได้ชัดเจนว่านำไปใช้ในกิจการประเภทใด ดังนั้นผู้ประกอบการต้องเฉลี่ยภาษีซื้อที่จะนำมาหักออกจากภาษีขายในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม
หากกิจการไม่เฉลี่ยภาษีซื้อถือว่าภาษีซื้อเป็น "ภาษีซื้อต้องห้าม" ทั้งจำนวน
หลักเกณฑ์การเฉลี่ยภาษีซื้อ แบ่งออกเป็น 3 กรณี ดังนี้
1. การเฉลี่ยภาษีซื้อทั่วไป คือ การเฉลี่ยตามฐานรายได้ของกิจการ VAT และ NON VAT แบ่งออกเป็น 2 วิธีดังนี้
การเฉลี่ยภาษีซื้อตามประมาณการรายได้ กรณีผู้ประกอบการเพิ่งเริ่มประกอบการ หรือประกอบกิจการแล้วแต่ยังไม่มีรายได้
การเฉลี่ยภาษีซื้อตามรายได้ของปีที่ผ่านมา กรณีผู้ประกอบการประกอบการแล้วมีรายได้ของปีที่ผ่านมา
ข้อผ่อนปรนไม่ต้องเฉลี่ยภาษีซื้อตามรายได้
รายได้ปีที่ผ่านของกิจการ VAT ไม่น้อยกว่า 90% ของรายได้ของกิจการทั้งหมด ผู้ประกอบการมีสิทธิเลือกนำภาษีซื้อทั้งจำนวนหักจากภาษีขาย
รายได้ปีที่ผ่านของกิจการ NON VAT ไม่น้อยกว่า 90% ของรายได้ของกิจการทั้งหมด ผู้ประกอบการมีสิทธิเลือกไม่นำภาษีซื้อทั้งจำนวนไปหักจากภาษีขาย
2. การเฉลี่ยภาษีซื้อที่เกิดจากการก่อสร้างอาคาร คือ การเฉลี่ยตามประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร
ประมาณการการใช้พื้นที่อาคาร ที่ใช้ในการประกอบกิจการ VAT และ NON VAT และเฉลี่ยภาษีซื้อตามส่วนของประมาณการการใช้พื้นที่ดังกล่าว แล้วนำภาษีซื้อที่เฉลี่ยของกิจการ VAT มาหักออกจากภาษีขาย ทั้งนี้ ให้ผู้ประกอบการเฉลี่ยภาษีซื้อตั้งแต่เดือนภาษีแรกที่มีภาษีซื้อจากการก่อสร้างอาคารเกิดขึ้น
เมื่อก่อสร้างอาคารเสร็จ ให้ตรวจสอบดูการใช้พื้นที่ตรงกับที่ประมาณการหรือไม่ เพื่อปรับปรุงภาษีซื้อ
3. การเฉลี่ยภาษีซื้อตามหลักเกณฑ์ที่อธิบดีกรมสรรพากรกำหนด
สำหรับกรณีที่ไม่อาจใช้ 2 วิธีข้างต้นได้
