สิ่งสำคัญต่อไปที่ต้องทำในการจัดระบบบัญชีเพื่อการจัดการ คือการเลือกหาโปรแกรมบัญชีที่เหมาะสมกับ ธุรกิจของเรามาใช้ เพื่อความมีประสิทธิภาพ รวดเร็ว ประหยัดคนและประหยัดเวลา การเลือกโปรแกรมบัญชี ท่านจะต้องเปิดโอกาสให้ทีมงานที่เกี่ยวข้องของท่านได้มีส่วนร่วมในการสรรหาด้วยเพราะเคยเกิดขึ้นอยู่บ่อยๆ ว่าผู้บริหารเป็นผู้เลือกและตัดสินใจ พอซื้อเสร็จก็โยนให้ฝ่ายบัญชีไปใช้ ปรากฎว่าฝ่ายบัญชีรู้สึกว่าถูกบังคับ ก็เลยเกิดการต่อต้านหรือเกิด ความไม่ชอบและไม่ให้ความร่วมมือจนในที่สุดก็กลายเป็นความล้มเหลว ปัจจัยที่จะต้องพิจารณาในการเลือกโปรแกรมบัญชีมีดังนี้